Поводом для переоценки эффективности ЕИС послужили многочисленные вопросы пользователей, связанные с функциональностью и использованием информационной системы, которые позволили выявить недочеты в ее работе. Основной причиной жалоб является поисковая система, которая на один и тот же запрос может выдавать различное количество результатов либо вовсе не отображать нужную заказчику информацию по номерам закупок, предписаниям антимонопольной службы и т.д. Изменения, которые необходимы пользователям ЕИС, многократно озвучивались и уже вошли в список, требующий детального рассмотрения.
Так, Дмитрий Казанцев, начальник отдела правовой экспертизы B2B-Center, считает необходимым поработать на пользовательским интерфейсом и сделать систему более наглядной в плане отображения процесса всей последовательности формирования и реализации проекта закупки. Многочисленные электронные торговые площадки, применяющие ЕИС, считают эффективным привлечение сторонних ресурсов для ввода данных, что позволит существенно разгрузить систему. Чтобы выявить полный список недочетов в работе системы, Счетная Палата запустила опрос, в котором могут принять участие даже незарегистрированные пользователи.